Организационно Военно-инженерная академия состоит из:
- управления;
- основных подразделений;
- подразделений обеспечения.
Управление Военно-инженерной академии:
- командование (начальник, заместители, помощники);
- отделы (учебно-методический, организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров, строевой, кадров, материального обеспечения, технического обеспечения);
- отделение (военно-политическое);
- службы (защиты государственной тайны, юридическая, медицинская, финансово-экономическая);
- группа (психологической работы);
- бюро (охраны труда).
Основные подразделения Военно-инженерной академии:
- подразделение слушателей: учебное отделение (командно-инженерное);
- подразделение курсантов: учебное отделение (военно-политической работы);
- подразделения дополнительного профессионального образования: курсы переподготовки, повышения квалификации и заочного обучения;
- учебно-научные подразделения – 10 кафедр и отдельные дисциплины (русского языка, иностранных языков, естественнонаучная и общепрофессиональная);
- научные подразделения – научно-исследовательский испытательный институт, научно-исследовательский отдел (проблем инженерного обеспечения).
Также в качестве структурного подразделения в состав академии входит Международный противоминный центр.
Подразделения обеспечения Военно-инженерной академии:
- база обеспечения учебного процесса;
- отдел (военно-научной информации);
- медицинский пункт;
- клуб;
- музей;
- библиотека;
- типография;
- контрольно-технический пункт;
- военный оркестр;
- узел связи;
- склады.