Для рассмотрения вопросов деятельности Военно-инженерной академии (далее – Академии) создан выборный представительный орган – Учёный совет Академии под председательством начальника Академии.
Состав, полномочия, порядок создания и организация работы Учёного совета Академии определены нормативными правовыми актами Министерства обороны и Министерства науки и высшего образования Российской Федерации, Уставом Академии, Положением об Ученом совете Академии.
В состав Учёного совета вошли сотрудники Академии, избранные на Конференции Академии путём голосования делегатов структурных подразделений и представителей переменного состава Академии из числа руководящего, научно-педагогического состава и других категорий постоянного состава Академии, а также входящие в состав Учёного совета Академии по должности: начальник Академии и его заместители, начальник, заместитель и главный научный сотрудник научно-исследовательского испытательного института, начальники научно-исследовательского отдела, международного противоминного центра, учебно-методического отдела и отдела организации научной работы и подготовки научно-педагогических кадров, а также начальники факультета, кафедр и управлений научно-исследовательских Академии.
Представители структурных подразделений Академии считаются избранными в состав Ученого совета Академии или отозванными из него, если за них проголосовало более 50 процентов делегатов, присутствующих на Конференции (при наличии не менее двух третей списочного состава делегатов).